Was die Kompatibilität angeht, gibt es denn Dokumentierte Fälle wo Programme oder Spiele nicht unter FreeDOS laufen?
Meine persönliche Liste seit ein paar Jahren ist leer, wobei ich als absolut wenig-Spieler sicher nicht den Rest der Welt repräsentiere

Allerdings genügt mir bei meinen Systemen auch Himem, EMM habe ich nie gebraucht...
Ich fand den EMM386 der mit FreeDOS kam etwas instabil (machte Probleme mit Wing Commander), ...
Wenn Du von der CD installiert ist das eine alte Version die zu dem Zeitpunkt der Veröffentlichung aktuell war, inzwischen gibt es schon neue Versionen.
... aber den kann man ja einfach austauschen oder (gegen einen von Windows 98 oder DOS)?
Korrekt, allerdings würde ich eher einen der FreeDOS Speichermanager nehmen, zum Beispiel
http://www.freedos.org/software/?prog=jemm386 .
Dieses Mischen von Sachen unterschiedlicher Betriebssysteme kann, gerade bei proprietären Produkten, die dollsten Effekte verursachen, würde ich schon aus Prinzip nicht machen wenn es sich irgendwie verhindern lässt.